A história do Grupo Agrenco começou a ser construída no início da década de 90, quando o CEO do Grupo, Antonio Iafelice, após 30 anos em empresas e instituições de peso na agroindústria brasileira e internacional, decidiu fundar a Agrenco. Criada em 1992, com seu primeiro escritório na França, a Agrenco, ao longo dos anos, evoluiu da distribuição e comércio de grãos e derivados no mercado europeu para um novo modelo de negócio, baseado em serviços e operações integradas para todo o ciclo do agronegócio, da produção ao consumo.
Chamado de “pós-trader” e “pós-broker”, esse modelo começou a ser desenvolvido a partir de 2000, com base em estudos de professores do IMD-Lausanne e Harvard. Sua implementação teve início em 2002, sob a coordenação da equipe do professor doutor James T. C. Wrigth, da FIA-FEA/USP, e consolidou-se no biênio 2003/2004, com a implementação dos Projetos de Mudanças Estratégicas e Operacionais.

Nos últimos três anos, desenvolveu-se o processo de integração das empresas que compõem o Grupo e também foram abertas novas frentes de atuação, no sentido de dar corpo à proposta de oferecer soluções em todo o ciclo de comercialização agrícola.

Passo importante nesse sentido foi a criação, no final de 2005, da Agrenco do Brasil S.A., o que permitiu unificar as empresas sob uma bandeira única, consolidando a marca Agrenco no país que responde por cerca de 50% do faturamento no mundo. O processo de reorganização societária completa-se com a constituição, também no final de 2005, da holding do Grupo, sob a denominação de Agrenco Netherlands BV.

A ampliação dos negócios e a necessidade de aperfeiçoar o atendimento aos clientes nas duas pontas do negócio, produção e consumo, levou a Agrenco a reforçar sua presença em seus mercados de atuação.
Assim, desde setembro de 2005, a Agrenco mantém escritório em Cingapura, a fim de buscar novas oportunidades na Ásia e estreitar as relações com clientes importantes que o Grupo conquistou nesse importante mercado.
Em dezembro de 2005, a Agrenco abriu escritório no Maranhão, marcando presença no emergente Corredor Norte de Exportação, no qual as lavouras de soja têm apresentado crescimento significativo nos últimos anos. Além do Maranhão, a Agrenco conta com unidade armazenadora em Campos Lindos, no Tocantins.
No início de 2006, a Agrenco inaugurou sua unidade na Argentina, a fim de intensificar as operações de originação no país.
Os avanços em 2005 e início de 2006 complementam os investimentos feitos pelo Grupo, ao longo dos anos anteriores, nas áreas onde atua.
Um dos investimentos mais importantes ocorreram no final de 2004, quando o Grupo adquiriu 40% do capital da Denofa, processadora e distribuidora de soja e derivados com sede em Frederikstad, Noruega. A criação da nova Denofa conta com a participação de sócios consumidores noruegueses: a Unikorn, que detém outros 40%, e a Orkla, com 20%.
Também no final de 2004, a fim de reforçar sua posição na área de logística e garantir qualidade e autonomia em operações portuárias no Brasil, a Agrenco assumiu o controle da Terlogs Terminal Marítimo, no porto de São Francisco do Sul (SC). A SOGO (South Ocean Grain and Oil) e suas associadas, da qual a Agrenco é o principal acionista, exerceu em dezembro de 2004 o direito de preferência e comprou 25,5% da participação da América Latina Logística na Terlogs.

Na ocasião, o Grupo fechou contrato de 23 anos com a ALL para o transporte de 1 milhão de toneladas anuais de granéis e fertilizantes. Para viabilizar as cargas contratadas, foi firmado contrato de leasing operacional de 1,1 mil vagões ferroviários com a MRC, empresa do grupo Mitsui, e a ALL. Os vagões entrarão gradualmente em operação nos próximos cinco anos. O primeiro lote, com 240 unidades, começou a operar em março de 2005.

Em novembro de 2005, a Agrenco assinou contrato com a Marubeni, pelo qual a multinacional japonesa investiu US$ 18,8 milhões na Terlogs e aumentou sua participação no terminal para 25,5%.

Em 2006 o Grupo anunciou investimentos de US$ 42 milhões em um terminal portuário na província argentina de Entre Rios. O negócio com o terminal de Porto del Guazú irá permitir à Agrenco dobrar o volume embarcado de soja em grãos.

Ainda em 2006 o Grupo Agrenco anunciou investimentos de US$ 150 milhões em três plantas de biodiesel no Brasil. As três plantas, que trabalham com múltiplas oleaginosas, irão produzir juntas 380 mil toneladas de biodiesel.

Em setembro de 2006, a Denofa, uma companhia afiliada do Grupo, anunciou a aquisição de 60% do capital da esmagadora de oleaginosas Nagrol, da Polônia.

Em novembro de 2006, Antonio Iafelice, CEO do grupo, foi entrevistado pelo Prof. Ray Goldberg, da Harvard Business School. O Prof. Goldberg está escrevendo um livro sobre as tendências para o agronegócio nos próximos 50 anos e para tanto entrevistou o sr. Iafelice, escolhido junto com outros 14 dos mais influentes CEOs do mundo.